Chiesa madre di Scarlino da sempre, San Donato si trova nella parte bassa del paese. Documentata fin dal XII secolo, e dagli inizi del Trecento proprietà degli agostiniani, che già occupavano l’attiguo convento, ha subito numerose ristrutturazioni: l’ultima, nel 1929, aveva l’intento di restituire l’originaria austerità romanica.
L’edificio si presenta in stile gotico-romanico con pianta a croce latina e facciata a capanna. All’interno, sulla parete sinistra della navata, molto bello è l’affresco di scuola senese della Madonna con il Bambino tra due santi, della metà del Quattrocento. Sul lato sinistro del presbiterio, in alto, è murato il monumento sepolcrale realizzato nel 1471 per i fratelli Vanni ed Emanuele della famiglia Appiani, signori di Scarlino. Il sepolcro, in marmo, è stato realizzato da un raffinato scultore toscano che si richiama a illustri modelli fiorentini.
Vicino al presbiterio, sopra un pulpito in castagno intagliato nel 1929, è collocata la più importante opera presente a Scarlino: si tratta di una tavola di un artista di cultura nordica del XVI secolo, rappresentante la Crocifissione.
Attiguo alla chiesa, il convento è composto da un chiostro, un refettorio, grandi magazzini, celle ampie e terrazze belvedere costruiti perlopiù nel tardo Settecento quando l’edificio venne adibito ad albergo.
CHIESE MINORI
- Chiesa di San Martino, vecchia chiesa parrocchiale di Scarlino, già attestata dal XIII secolo, fu interamente ricostruita nel 1759 per volere della principessa Eleonora Appiani con l'impianto visibile ancora oggi. Ulteriori ampliamenti e ristrutturazioni furono realizzati nel 1765, nel 1793 e, dopo aver perso di importanza nel corso dell'Ottocento, ancora nel 1942 e nel 1966. Ulteriori lavori di restauro sono attualmente in corso. Si presenta con la tipica facciata a capanna e contiene all'interno pregevoli opere come un ottocentesca Madonna con Bambino e angeli e un San Michele arcangelo, sant'Andrea apostolo e Madonna con Bambino in gloria del XVI secolo.
- Chiesa della Madonna delle Grazie, citata già nel 1591 come piccola cappella, sembra essere stata ampliata e trasformata tra il 1667 e il 1668. Sconsacrata nel 1968, è stata successivamente adibita a falegnameria e poi maglieria dal 1982. Oggi è una abitazione privata.
- Oratorio di Santa Croce, situato in via della Rocca, risale al XIII secolo e venne fatto costruire dai conti Pannocchieschi. Divenuto proprietà della Confraternita di Santa Croce nel XVII secolo, fu trasformato in fienile alla fine del Settecento e divenne residenza privata. Oggi conosciuto come Casa Novelli, è un'abitazione privata non visitabile e conserva al suo interno pregevoli affreschi del XV secolo attribuiti al pittore senese Nanni di Pietro, fratello del Vecchietta.
- Oratorio della Madonna di Pié di Poggio, risalente al XIII secolo, era luogo di sosta lungo la tortuosa strada che scendeva dal borgo verso la piana sottostante. Ceduto nel 1669 al convento di San Donato, nei secoli successivi cadde in rovina e venne lentamente abbandonato e nel 1923 viene disposto che fosse sconsacrata e trasformata in podere. Recentemente restaurata, è oggi adibita a struttura alberghiera.
- Oratorio della Madonna del Soccorso, noto con il nome di Madonna del Giglio per la presenza dell'omonimo affresco, è stato costruito fuori le mura nel corso del XV secolo, nei pressi dell'antica salnitreria o polveriera di Scarlino. Il luogo di culto rimase consacrato fino al 1829, anno in cui fu decisa la costruzione di una civile abitazione al di sopra di esso. Alcuni lavori di restauro sono stati effettuati tra il 1985 e il 1995.
- Pieve di Santa Maria, antichissima chiesa altomedievale, la più antica di Scarlino (IX-X secolo), sorgeva presso la rocca fortificata nel primo insediamento del paese. Nel corso del XV secolo fu ricostruita ed ampliata, ma già nel XVII secolo appare abbandonata e trasformata in cappella per la guarnigione con il titolo di Sant'Andrea, prima di cadere definitivamente in rovina. L'impianto base, a pianta rettangolare con navata unica ed abside semicircolare, è stato riportato alla luce durante campagne di scavi portate avanti tra il 1979 e il 1983 dall'archeologo medievalista Riccardo Francovich: in una nicchia della struttura è stato rinvenuto un interessante tesoro di cento monete d'oro, qui nascosto nel XV secolo e oggi esposto al centro di documentazione del territorio.
- Chiesa di Sant'Andrea di Lodena, antico edificio di culto già attestato in un documento del 1188 ed in seguito trasformato in stalla e porcile. I ruderi, situati in località Podere La Croce, sono in totale stato di abbandono.
- Chiesa della Madonna del Rosario, chiesa realizzata negli anni cinquanta del XX secolo nella località di Pian d'Alma, è unita in parrocchia con la chiesa della Consolata di Punta Ala.
- Cappella del Puntone, piccolo edificio di culto a servizio della frazione del Puntone, dipendente dalla chiesa di San Martino, di scarso valore artistico-architettonico.]